Transcriptome：数据预处理

本操作最关键是检查每一步文件的大小！！！

1、从公司获得Rawdata和cleandata，rawdata到cleandata经过了质控的过程。本次将直接从cleandata开始进行分析。（此步骤上传服务器的话，需要检查文件是否都上传成功：md5sum -c md5.txt）

2、检查cleandata文件大小是否符合，解压后的fastq文件基本在7G左右（解压时间较长），简化文件名，Windows可以用7-zip软件批量解压缩。也可以上传后再进行解压缩和重命名（去掉前缀和后缀）：参考第3步骤。

3、利用vim将如下代码写入.sh文件，进行解压缩和重命名。

#!/bin/bash

#指定解压缩的路径和输出路径
gz_path="/home/hztext/dai/Ana_trans/cleandata"
output_path="/home/hztext/dai/Ana_trans/cleandata/fastq"
#新建文件夹
mkdir -p "$output_path"
#批量解压缩
for file in "$gz_path"/*.gz; do
    new_file=$(basename "$file" .fastq.gz)
    prefix_removed=${new_file#??????????????}
    gzip -d -c "$file" > "$output_path/$prefix_removed.fastq"
done

4、利用WinSCP将fastq文件上传到服务器指定文件夹中（上传时间较长），可根据需要，分别传入多个文件夹（以当前服务器大小来算，比对时一次最好处理18个fastq文件，多了容易蹦）

5、上传完成后，使用ll -h检查文件的大小和数量。

ll -h Tc_Female Tc_Fruit Tc_Male Tc_Petals Tc_VegOr

6、安装miniconda：

下载Miniconda3最新版本：

#-c：下载大文件或不稳定网络环境下非常有用，可以避免重新下载整个文件

wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

验证 Miniconda 是否成功安装：

conda --version

7、增加多个下载通道channels

conda config --add channels bioconda

conda config --add channels conda-forge

展示已增加的通道：

conda config --show channels

conda config --get channels

使用conda不同通道下载安装软件的命令通常是（以bioconda为例）

xxxxxxxxxx
conda install -c bioconda <softname>

8、利用miniconda创建一个名为rna的python环境，版本为2（也可以为3，对应的是python3版本）

conda create -n rna python=2

9、rna环境使用（环境的作用是进行软件的管理）

激活环境：

conda activate rna

退出当前环境：

conda deactivate