在实验过程中,我们常常会遇到一些小问题,需要快速地解决。由此,本人基于R编写了部分web app,希望可以助力实验结果的快速展示,为下一步实验的推进,节约更多的时间。
idea 1:
经常性,做完定量PCR后,不愿处理数据。因此,特别设计了这个app,希望能一键上传仪器导出的Excel表数据,直接获得我们需要的基因表达倍数差异。
(第一步)简单的数据预处理
删除Results工作表的Well行之前的所有行,并删掉所有样品名后的几行注释信息。
(第二步)修改基因名和对应的内参基因名,上传数据表到web中,即可获得如下展示
idea 2:
在面临转录本在不同样本中的差异表达计算时,我们可以有多种方法来解决:Excel表公式、代码计算等等,然而都经常遇到各种问题(列选错了、比较组合纠结等等)。为了更快速地获得我们想要的结果,并初步验证我们的猜想。由此,基于R开发的shiny app将能解决这个问题。
1、直接上传表达矩阵,最大支持30MB的文件。尽量不要上传大于10MB的文件,否则下载图片会遇到问题。
由矩阵可见,每个比较对象都有三个重复,在计算过程中将直接取均值(当然也可以只有一个重复)。
比较对象名称可以输入关键词或者全称,运行过程将把包含关键词的所有列进行平均值计算。
在程序运行结束后,右上角展示了表达矩阵的前6个转录本在不同比较组合的差异表达情况(不展示转录本ID,下载的表格数据中会包含对应的转录本ID)。右下角展示了上调、下调和未差异表达的转录本分布情况。